31 мая 1994 года правительство по согласованию  с  Московской Патриархией приняло постановление о начале  воссоздания  Храма Христа Спасителя. Работы по воссозданию художественного убранства были исполнены Российской Академией Художеств во главе с ее Президентом – академиком З.К.Церетели.

З. Д. Мардахиашвили  работал на проекте куратором по  росписи и наружных убранств Храма Христа Спасителя. В составе авторской группы участвовал в  разработке пешеходной зоны  -  «Моста»  от Храма Христа Спасителя до Якиманской набережной. Он Награжден медалью Александра Невского за художественное оформление Храма Христа Спасителя.

31 декабря 1999 года, в канун 2000-летия  Рождества Христова, вновь распахнулись врата  Храма Христа Спасителя.

19 августа 2000 года святейший Патриарх   Алексей II  совершил Великое освещение Храма Христа Спасителя.